O Programa de Pós-Graduação stricto sensu em Engenharia de Produção – PPGEP foi criado com o objetivo de promover a formação de recursos humanos qualificados em engenharia de produção, capazes de investigar, criar e aprimorar soluções e tecnologias adequadas à região e ao país. O Programa criado em 1994 e credenciado pela CAPES em 1997 atua nas áreas de Gerência da Produção e Pesquisa Operacional. A produção científica é gerada através das linhas de pesquisa: Gestão de Organizações, Inovação Tecnológica, Otimização Discreta e Otimização Contínua. O corpo docente e de pesquisa vinculado ao Programa pertence ao Laboratório de Engenharia de Produção da UENF e é formado exclusivamente por doutores. Até março de 2013 foram concluídos 188 trabalhos entre Teses e Dissertações. Os egressos do PPGEP atuam em empresas e universidades da região e, a cada dia, amplia-se o elenco de casos bem sucedidos de soluções obtidas pelo esforço de pesquisa conduzido no âmbito do Programa, na produção de teses e dissertações e na busca de treinamento e capacitação de pessoal especializado nas áreas de atuação do Programa. O ingresso no PPGEP ocorre por processo de seleção constituído de provas e entrevista. O Programa é reavaliado pela CAPES a cada três anos. Os estudantes podem receber bolsa de mestrado da CAPES, UENF/FAPERJ e FAPERJ, dispondo de laboratório computacional onde conduzem simulação e análise de sistemas produtivos e de gestão da produção, além de praticarem modelagem computacional de apoio à decisão. Dispõem de biblioteca e têm acesso ao Portal de Periódicos da CAPES para uso do que há de relevante na produção científica mundial. Publicam em co-autoria com professores e orientadores em periódicos e eventos científicos, nacionais e internacionais.