O Laboratório de Química e Função de Proteínas e Peptídeos (LQFPP) foi estruturado em três setores de pesquisa clássicos: Estrutura de Proteínas, Bioquímica de Insetos e Bioquímica Vegetal, atuando em áreas de pesquisa de interesses econômico e sanitário. Atualmente, o LQFPP conta com 10 professores em regime de dedicação exclusiva. Professores, alunos e técnicos dedicam-se ao estudo de linhas de pesquisa que combinam computação de alto desempenho, modelagem e dinâmica molecular, genômica comparativa e bioinformática, evolução de fatores de transcrição bacterianos, embriologia molecular de insetos vetores de doenças e seleção de novos compostos com atividade anti-inflamatória, antimetastática, inseticida, antiparasitária, antiviral e medicamentos para o combate de doenças alérgicas.