Um dos momentos mais marcantes da história da UENF foi a conquista de sua autonomia administrativa, ocorrida em 2001. A autonomia significou, na prática, o desligamento entre a UENF e a Fundação Estadual do Norte Fluminense (Fenorte), até então sua mantenedora. Foi a partir desta data que o nome do idealizador da UENF, Darcy Ribeiro, passou a figurar também no nome da instituição, como já era previsto na Lei nº 2.786, de 15 de setembro de 1997.
A autonomia da UENF foi precedida de uma grande mobilização da comunidade universitária, que cobrava do então governador Anthony Garotinho o cumprimento de sua promessa de campanha. O programa de governo estabelecia, como medida prioritária, a sanção da chamada Lei Edmilson Valentim, que previa a autonomia administrativa da UENF. A lei — que estabelecia a incorporação da Fenorte pela UENF — havia sido aprovada pela Assembleia Legislativa (Alerj), mas não fora sancionada pelo governador anterior, Marcello Alencar.
A luta pela autonomia uniu todos os segmentos da comunidade universitária — professores, alunos e servidores técnico-administrativos — nas duas primeiras greves da história da Universidade. A primeira durou um mês, entre 14/10 e 14/11/00, e foi interrompida pela nomeação e atuação de uma Comissão Paritária com três membros da UENF e três membros do governo para propor o modelo da autonomia. Os trabalhos duraram seis meses (dezembro de 2000 a maio de 2001) e, ao final, ficou decidido que o governo deveria enviar à Alerj um projeto instituindo a UENF com personalidade jurídica e autonomia. A comissão embasava-se no artigo 207 da Constituição, que diz: “As universidades gozam de autonomia didático-científica, administrativa e de gestão financeira e patrimonial, e obedecerão ao princípio de indissociabilidade entre ensino, pesquisa e extensão”.
No entanto, um mês após o término dos trabalhos da comissão paritária, o governo ainda não havia dando encaminhamento ao projeto de autonomia. Em meio à ameaça de uma nova greve, o Conselho Universitário da UENF elaborou uma moção cobrando do governo o cumprimento dos compromissos firmados na comissão. Diante da falta de resposta por parte do governo, a greve foi retomada, impedindo a abertura do segundo semestre letivo de 2001, e durou até outubro de 2001. Nem mesmo o corte de ponto dos grevistas conseguiu dissolver o movimento.
Também foi iniciado um movimento visando à obtenção de apoio externo à causa da autonomia da UENF. O professor Helion Vargas, chefe do Laboratório de Ciências Físicas (LCFIS) do Centro de Ciência e Tecnologia (CCT), acredita que o apoio da Academia Brasileira de Ciências (ABC) foi decisivo para a autonomia, uma vez que levou a questão para fora dos limites de Campos dos Goytacazes, onde a UENF está situada. Para o professor Antônio Constantino de Campos, que hoje ocupa o cargo de diretor administrativo da UENF, também pesou o progressivo esgotamento das razões do governo para não cumprir o compromisso de campanha.
A lei de autonomia (Lei Complementar nº 99) foi aprovada em 23/10/01. A lei não estabeleceu a incorporação da Fenorte pela UENF, conforme havia sido pensado anteriormente. A autonomia também não engloba a gestão financeira, uma vez que a Universidade ainda depende do repasse dos recursos do governo do estado.
Primeiras eleições diretas para reitor
Ao invés de sancionar a lei da autonomia logo após tomar posse, como havia prometido, o governador Anthony Garotinho optou por nomear um reitor pro-tempore com a missão de organizar as primeiras eleições diretas para reitor da UENF, bem como elaborar o Estatuto da Universidade. Professor titular de Matemática da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Adilson Gonçalves ocupou o cargo de reitor da UENF nos primeiros seis meses de 1999.
Ele lembra que as divergências com a Fenorte começaram a surgir ainda no governo de Leonel Brizola e estavam ligadas basicamente às competências envolvendo decisões sobre a Universidade. Adilson, que já havia atuado na UENF na fase de implantação, recorda que muitas decisões prioritárias para alguns laboratórios muitas vezes deixavam de ser implementadas a critério da Fenorte, gerando muita insatisfação.
A comunidade da UENF esperava que as eleições diretas para reitor fossem o primeiro passo rumo à autonomia, mas os passos seguintes não viriam na mesma velocidade. O professor Salassier Bernardo, do Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), foi o primeiro reitor eleito da UENF, tendo tomado posse em 06/07/99. No entanto, até 2001 a Fenorte — cujo presidente é indicado pelo governador — continuaria a ocupar papel primordial dentro da Universidade.