A Prefeitura da UENF é responsável pelo desenvolvimento de ações para o planejamento, operação e controle da estrutura física, relacionadas às atividades de manutenção, zeladoria, segurança, transportes e projetos de engenharia da UENF. Atua em todos os campi da Universidade que abrangem além do Campus Leonel Brizola, a Casa de Cultura Villa Maria, o Núcleo de Pesquisa em Zootecnia e Produção Vegetal na Escola Estadual Agrícola Antônio Sarlo, a Unidade de Apoio à Pesquisa na Estação Experimental da Pesagro, o Campus em Itaocara e o Campus em Macaé (LENEP e LAMET) .