A Prefeitura da UENF é responsável pelo desenvolvimento de ações para o planejamento, operação e controle da estrutura física, relacionadas às atividades de engenharia (projetos, orçamento, fiscalização de obras), manutenção (limpeza, manutenção predial, manutenção de piscina, manutenção de áreas verdes, manutenção de geradores), transporte (fornecimento e manutenção de veículos), restaurante universitário, centro de convenções, enfermaria, zeladoria, recepção, segurança.
Estamos presentes em sete municípios do Estado do Rio de Janeiro: i) Município de Campos dos Goytacazes: Campus Leonel Brizola, a Casa de Cultura Villa Maria, Unidade Experimental da UENF Antonio Sarlo, Parque Tecnológico Agropecuário, Unidade Experimental da UENF PESAGRO; ii) Município de Macaé: Campus Carlos Alberto Dias; iii) Município de Itaocara: Unidade Experimental da UENF de Produção Vegetal; iv) Município de Rio das Ostra: Campus UENF Reserva Biológica União; v) Município de Cabo Frio: Campus UENF Fazenda Campos Novos; vi) Município de Italva: Unidade Experimental da UENF de Produção Vegetal; vii) Município de Cardoso Moreira: Unidade Experimental da UENF de Produção Vegetal (em implantação).