A UENF é estruturada em quatro Centros, que por sua vez são formados por Laboratórios.
Centro de Biociências e Biotecnologia – CBB
Diretora – Profª. Marina Satika Suzuki
Contato – cbb@uenf.br
Centro de Ciências do Homem – CCH
Diretor – Prof. Geraldo Márcio Timóteo
Contato – cch@uenf.br
Centro de Ciência e Tecnologia – CCT
Diretor – Profª. Marcia Giardinieri de Azevedo
Contato – cct@uenf.br
Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias – CCTA
Diretor – Prof. Alexandre Pio Viana
Contato – ccta@uenf.br