As atividades de Pesquisa e Pós-Graduação da UENF se iniciaram em agosto de 1993, juntamente com a fundação da Universidade e, desde o começo, a decisão ousada de se contratar apenas docentes portadores do título de Doutor e com experiência acadêmica, viabilizou a implantação em Campos dos Goytacazes-RJ, dos primeiros docentes e Grupos de Pesquisa, que imediatamente se dedicaram aos trabalhos de montagem de laboratórios de pesquisa e a implantação de Programas de Pós-Graduação de alto nível.  A quantidade e a qualidade das pesquisas realizadas no contexto da Pós-Graduação foram e são fundamentais para colocar a UENF em destaque. Inicialmente como a primeira Universidade brasileira a possuir 100% de professores doutores, figura desde 2008 entre as 15 melhores Universidades do país e, em 2012, a UENF foi reconhecida pelo Ministério de Educação (MEC), como a Melhor Universidade do Estado do Rio de Janeiro e a 11ª do País, pelo Índice Geral de Cursos (IGC) no qual são avaliadas mais de 230 Universidades. O Programa de Bolsas de Iniciação Científica da UENF foi agraciado em 2003 e em 2009 com o Prêmio Destaque do Ano na Iniciação Científica, outorga concedida pelo CNPq. Em 2014, a UENF foi considerada como a 12ª melhor Universidade brasileira, obtendo pelo segundo ano consecutivo a melhor pontuação entre todas as Universidades do Estado do Rio de Janeiro e, por estudo feito pela Folha de São Paulo, foi considerada a 5ª Universidade mais produtiva do País.